A kötegelt exportálás beállításai lehetővé teszik az exportálandó formátum és mappa, valamint a használni kívánt kiterjesztés megadását. Minden fájlt a Geneious Név oszlopának megfelelően nevezünk meg. Mappa exportálása: Egy teljes mappa egyetlen fájlba történő exportálásához kattintson a mappára a Források panelen, és válassza a Fájl → Exportálás → Mappa exportálása menüpontot.